Die AES fördert religiös-ethisches Denken und Handeln aus evangelisch-befreiender Perspektive. Gemeinsam mit ihren Mitgliedern steht sie parteilich auf der Seite der Schülerinnen und Schüler, nimmt Jugendliche als selbstbestimmt wahr, lässt sie selber zu Wort kommen und selbst entscheiden, was für sie getan werden darf.

In Kooperation mit Schule bietet die AES vor Ort zum Beispiel Cafes für Schülerinnen und Schüler an, führt Konfliktlösungsseminare durch oder organisiert Schulseelsorge. Hier kann auf die Art und Weise Lernen ganz anders stattfinden als im sonstigen Schulalltag (z.B. ohne Zensuren und mit selbstbestimmten Pausen).
Es gibt aber auch lokale Klassentagungen zu Themen, die sich die jeweilige Schulklasse aussucht. Regelmäßig werden Gedenkstättenfahrten für Schülerinnen und Schüler angeboten. Zudem gibt es außerschulische Freizeiten, Workcamps oder Seminare für Schülervertretungen oder eine Ausbildung, um selbst Veranstaltungen zu "teamen". Partizipation bei allen Entscheidungen bietet ein ideales Lernfeld für das spätere Leben.
Ein Element, das in vielen Länderschüler*inennarbeiten vorkommt, sind die Tage der Orientierung.
Unter Mitglieder können die Schüler*innenarbeit der einzelnen Landeskirchen mit weiteren Informationen zu den einzelnen Programmen vor Ort gefunden werden.

Die Schüler*innenarbeit achtet darauf, dass die Sicht der Schülerinnen und Schüler eingenommen wird. Sie legt großen Wert darauf, dass Schülerinnen und Schüler in der Planung und bei allen Entscheidungen beteiligt sind. So können diese bei Veranstaltungen eigenverantwortlich mitarbeiten und mitbestimmen. Diese Eigenverantwortung der Jugendlichen reicht bei der Schüler*innenarbeit bis in die Bundesebene (AES). Im Vorstand der AES ist laut Ordnung "auf eine gleichmäßige Verteilung zwischen Ehren- und Hauptamtlichen, [...] aus Ost-, West-, Nord- und Süddeutschland [...] zu achten".

Die Arbeit der AES ist aktuell in vier Gremium unterteilt.

• Der Vorstand der AES
• Das Fachforum (Hauptamtlichenkonferenz)
• Die Jahrestagung (Delegiertenkonferenz)
• B.E.A.T. (Bundesehrenamtlichentreffen)

Die Gremien vertreten die Mitglieder der AES und bestimmen in unterschiedlichem Maß die Arbeit der AES.